生化分析儀常用分析方法共有三大類，分別為終點法、固定時間法和動力學法。
終點法： 指經過一段時間的反應，反應達到平衡，由于反應的平衡常數很大，可認為全部底物（被測物）轉變成產物，反應液的吸光度不再變化，只與被測物的濃度有關。這類方法通常稱為“終點”法，更確切地說應稱“平衡”法。
單試劑單波長終點法：t1時刻加入試劑（體積為V），t2刻加入樣本
（體積為S），然后攪拌并反應，之后開始測量反應液的吸光度，
在t3時刻反應達到終點，t3－t2為測定時間。
反應度R＝At3－At2-1×V/（V＋S），或R＝At3－ARBLK。
其中： Ati為i時刻的吸光度，ARBLK為試劑空白吸光度。
單試劑雙波長終點法： 基本上同“單試劑單波長終點法”，只是對于每一個測定周期，其實際吸光度等于Aλ1－Aλ2。
雙試劑單波長終點法：t1時刻加入*試劑（體積為V1），t2時刻加入 樣本（體積為S）之后立即攪拌，t3時刻加入第二試劑（體積為V2） 并立即攪拌，t4時刻反應達到終點。t3-t2為孵育時間,t4-t3為測定時間。
在項目參數中，如果反應起始時間設為0，則反應度R=A時刻吸光度-雙試劑空白吸光度。 如果反應起始時間小于0，則反應度R=At4 -雙試劑空白吸光度-t3到t2間設定點的吸光度×（V1＋S）/（V1＋S＋V2）。
雙試劑雙波長終點法： 基本上同“雙試劑單波長終點法”，只是對于每一個測定周期，其實際吸光度等于Aλ1－Aλ2。
固定時間法：又稱為一級動力學法、二點動力學法等，指在一定的反應時間內，反應速度與底物濃度的一次方成正比，即v=k[S]。由于底物在不斷的消耗，因此整個反應速度在不斷的減小，表現為吸光度的變化越來越小。這類反應達到平衡的時間很長，理論上可以在任意時間段進行監測，但由于血清成份復雜，反應剛啟動時反應較復雜，雜反應較多，必需經過一段延遲時間才能進入穩定反應期。
t1時刻加入試劑（體積為V），之后測量試劑空白的吸光度，t2時刻加入樣本（體積為S），t3時刻反應穩定，t4時刻停止對反應進行監測；t2－t3為延遲時間，t3－t4為測定時間。
單波長反應度（單雙試劑相同）：R=At4—At3
雙波長反應度：R=（t4時刻主波長吸光度－t4時刻次波長吸光度）-－（t3時刻主波長吸光度－t3時刻次波長吸光度）
動力學法：又稱零級動力學法，指反應速度與底物濃度的零次方成正比，也就是與底物濃度無關。因此，在整個反應過程中，反應物可以勻速地生成某個產物，導致被測定溶液在某一波長下吸光度均勻地減小或增加，減小或增加的速度（ΔA/min）與被測物的活性或濃度成正比。動力學法也被稱為連續監測法；主要用于酶活性的測定。
實際上，由于底物濃度不可能足夠大，隨著反應的進行，底物消耗到一定程度后，反應速度不再為零級，因此，零級動力學法是針對于特定時間段而言的；同樣，由于血清成份復雜，反應剛啟動時反應較復雜，雜反應較多，必需經過一段延遲時間才能進入穩定反應期，各試劑商對這兩段時間有嚴格規定。
t1時刻加入試劑（體積為V），t2時刻加入樣本（體積為S），t3時刻反應穩定，tn時刻停止對反應進行監測；t3-t2為延遲時間，tn-t3為測定時間。 單波長反應度（單雙試劑相同）R＝（n∑AT－∑A∑T）/［n∑T2－（∑T）2］,其中：n＝t3到tn間的數據個數 ，T＝時間 ， A=某一時間的吸光度。雙波長反應度基本同單波長，只是某一時間的吸光度等于主波長吸光度減去次波長吸光度。
